CHI 주최 제3회
RNA-Seq: Differential Expression in Depth
(RNA 시퀀싱 컨퍼런스:차등 발현 탐구)

2013년 3월 18일-20일 | 캘리포니아주 샌디에고, Hilton San Diego Resort

RNA 시퀀싱은 차세대 시퀀싱(NGS)의 가장 복잡한 용도라고 할 수 있을 것입니다. 인간 전사체(human transcriptome)는 범위와 심도가 크고 복잡하므로 완전 캐릭터라이즈된 상태와는 거리가 먼 것이 현황입니다. RNA 전사물이란 원래 움직이는 표적으로, 이 점이 캐릭터리제이션과 정량화를 어렵게 하고 있습니다. 그러나 1회의 RNA 시퀀싱 실험에서는 비교적 균등한 시퀀스 정보를 얻을 수 있으며, read depth에 따라 유전자 발현, 신규 전사물, 신규 이소폼, 대체 스플라이스 부위, 대립 유전자 특이 발현, 코딩1염기다형(cSNP), 희소 전사물 등의 분석이 가능합니다. CHI가 주최하는 제3회 RNA-Seq:Differential Expression in Depth에서는 활성화 된 인간게놈에 대해 새로운 견해를 제공하는 NGS 기술의 진보에 초점을 맞춥니다.

첫째날 | 둘째날 | 셋째날 |  

3월 18일(월)

8:30 쇼트코스 등록

9:00 – 12:00 쇼트코스


(쇼트코스 1)NGS 시료 조제  

(쇼트코스 2)기능 게노믹스  

1:00 컨퍼런스 등록

기조 세션 

2:00 의장 개회사

2:15 대사와 유방암의 관련성을 정의하는 에피게놈 동적 조절 프로파일링

Kevin GardnerKevin Gardner, M.D., Ph.D., Senior Investigator and Head, Transcription Regulation Section, Center for Cancer Research, NCI, NIH, DHHS
New findings linking epigenetic regulation to cellular processes that drive important hallmarks of cancer will be discussed. The broader impact of these findings on defining molecular and genomic mechanisms that uncover important connections between race, obesity and breast cancer will be reviewed.

3:00 인간 암의 신체적 레트로트랜스포지션(retrotransposition) 전망

Peter ParkPeter J. Park, Ph.D., Associate Professor, Center for Biomedical Informatics, Harvard Medical School; Informatics Program, Children’s Hospital Boston
Transposable elements (TEs) comprise close to half of the human genome, and some TE families are still able to copy and insert their sequences into other genomic loci through an RNA-mediated mechanism. We will describe our analysis of somatic retrotransposition events in cancer and their potential role in tumorigenesis, using a computational method called Tea (Transposable Element Analyzer) we developed for detecting TE integration sites at single-nucleotide resolution from paired-end whole-genome sequencing data. We have identified nearly 200 high-confidence somatic TE insertions in the cancer genomes of 43 patients across multiple tumor types, and our integrative analyses with other data types have indicated their potential impact in tumorigenesis. We will give an update on our efforts at characterizing TE activities in a more comprehensive panel of tumor types.

3:45 오후 휴식시간

4:00 유전자 조절과 일반적 질병

John Stamatoyannopoulos, M.D. Associate Professor, Genome Sciences and Medicine, School of Medicine, University of Washington

5:00 기조 연사 패널 디스커션

Kevin DaviesModerator: Kevin A. Davies, Ph.D., Editor-in-Chief, Bio-IT World

Thanks to the explosive power of NGS and extraordinary collaborative projects such as ENCODE and TCGA, researchers are gaining important new insights regarding genome function and architecture, including the role of non-coding RNAs and epigenetic modifications in health and disease. In this plenary panel discussion, our opening speakers will discuss the implications of current research and future directions and priorities.

6:00 환영 리셉션(전시회장), 포스터 관람

7:00 첫째날 종료

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